UCSF Chimera分子模擬軟件

UCSF Chimera是一款專業(yè)的分子模擬軟件，軟件內(nèi)置了豐富實(shí)用的分析工具模塊，可以用于分析密度圖、超分子組件、構(gòu)象整體、軌跡、對(duì)接結(jié)果和序列比對(duì)等操作，被廣泛用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互可視化分析，支持生成圖像和動(dòng)畫！

UCSF Chimera軟件特色

1、UCSF Chimera官方版提供了一組有用的特性和清晰的界面。

2、在第一次啟動(dòng)應(yīng)用程序時(shí)，你會(huì)遇到一個(gè)幾乎太簡單的主窗口，它只不過是一個(gè)可視化面板和一個(gè)緊湊的菜單欄，不像通常使用廣泛工具欄的其他分子分析工具。

3、因此，UCSF嵌合體犧牲了一點(diǎn)實(shí)用性，以便為分子分析提供一種無干擾的環(huán)境。它還有一個(gè)龐大的文檔部分，你應(yīng)該花一些時(shí)間來閱讀，因?yàn)樗梢詭椭憧s短學(xué)習(xí)時(shí)間的一半。

4、附帶了一套廣泛的可視化和分析工具

5當(dāng)談到特性時(shí)，公用事業(yè)提供的東西比你想象的要多。首先，你應(yīng)該知道它可以產(chǎn)生高質(zhì)量的圖像和動(dòng)畫。它還附帶了一個(gè)序列查看器，它實(shí)際上使您可以查找、查看和編輯序列比對(duì)。

6、沒有過分復(fù)雜的事情，應(yīng)該提到的工具來支持交互式陰影，變形，Ramachandran圖和爆破蛋白。

7、分子分析的有力工具

8、您還應(yīng)該知道UCSF Cimeta使您能夠改變背景，即您可以將圖形窗口更改為單個(gè)顏色、多個(gè)顏色的垂直漸變，甚至從計(jì)算機(jī)加載圖像。

9、該實(shí)用工具帶有一個(gè)流線型的界面，一個(gè)龐大的文檔，教程和例子，可以幫助你馬上開始。底線，UCSF嵌合體是一個(gè)強(qiáng)大的應(yīng)用分子分析，包裝許多有用的特點(diǎn)，而不感到害怕。　

UCSF Chimera軟件功能

1、強(qiáng)大的軸、平面和質(zhì)心功能，軸可以表示為圓柱體，平面表示為圓盤，質(zhì)心表示為球體，這些都可以用于距離和角度測(cè)量。

2、體積數(shù)據(jù)：可以顯示三維電子和光學(xué)顯微鏡數(shù)據(jù)、x射線密度圖、靜電勢(shì)和其他體積數(shù)據(jù)。

3、b因子著色：可以對(duì)結(jié)構(gòu)著色以顯示屬性值

4、篩選分子對(duì)接

5、通過保護(hù)著色

6、卷平面顯示

7、旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體

使用教程

1、通過點(diǎn)擊或雙擊嵌合體圖標(biāo)（取決于它的位置）來啟動(dòng)嵌合體。通常，這個(gè)圖標(biāo)將出現(xiàn)在桌面上。Cimela可執(zhí)行文件也可以從其安裝位置運(yùn)行。

2、將出現(xiàn)一個(gè)飛濺屏幕，在幾秒鐘內(nèi)由包含圖形顯示或最近使用的文件的快速訪問列表的主嵌合體窗口替換（這并不重要，因?yàn)榇蜷_一個(gè)結(jié)構(gòu)將自動(dòng)將顯示器切換到圖形窗口）。如果你喜歡，通過點(diǎn)擊并拖動(dòng)右下角來放大窗口。窗口也可以通過點(diǎn)擊它的頂部欄和拖動(dòng)來移動(dòng)。

3、打開結(jié)構(gòu)

4、現(xiàn)在打開一個(gè)結(jié)構(gòu)。從菜單中選擇文件ID ID獲取，并將1ZIK作為結(jié)構(gòu)的ID從PDB中取出。該結(jié)構(gòu)將出現(xiàn)在圖形窗口中，它是由兩個(gè)肽形成的亮氨酸拉鏈。

5、默認(rèn)的初始顯示是色帶。也顯示原子：

6、這顯示了結(jié)構(gòu)中的所有原子和鍵，除了肽鏈中的那些被絲帶顯示抑制。下面討論如何顯示用于顯示、著色等結(jié)構(gòu)的特定部分。最初，雜原子（碳以外的原子）由元素組成：氧原子、氮原子、藍(lán)色等。碳保持模型顏色，在這種情況下是棕褐色。

7、隱藏緞帶，露出骨架原子，然后再次展示緞帶